I primi insediamenti sono riconducibili all'epoca romana, in base alla presenza di numerosi toponimi legati al periodo, come Merlano, Rodiano e il nome stesso del Comune, che potrebbe derivare dal nome di un fondo appartenuto ad una gens Sabinia. Altre fonti indicano invece Savigno come proveniente da Sabo o Sabio, un antico nome della divinità campestre Bacco.
Colpita per lungo tempo da lotte ed aspre contese tra Bologna e Modena, l'area della valle del Samoggia, era nel passato ricca di fortificazioni, di cui non resta più nulla, se non le descrizioni documentali: un castello a Savigno, nel luogo dove sorgeva la parrocchia di Santo Stefano, poi scomparsa e un castello sopra il colle della chiesa di Samoggia. Un terzo castello, localizzato nella frazione di Rodiano e originariamente di proprietà della contessa Matilde di Canossa, venne nel 1332 conteso fra Passerino Bonacolsi e i conti di Panico. Nel 1360 il castello di Savigno serve da difesa a Giovanni Oleggio, che dopo essersi proclamato signore di Bologna, deve tener testa all'assalto di Taddeo da Cuzzano, inviato da Bernabò Visconti. Savigno fu comunque perlo più sotto il controllo di Bologna e dei suoi visconti, con in mano la giurisdizione civile. A testimoniare il ruolo agricolo del territorio, il capo della comunità locale venne sempre assegnato ad un massaro.
In quel periodo la sede del Comune e amministrativa era situata nella frazione di San Prospero, mentre Savigno ospitava il mercato e il commercio. Il legame fra le due località è talmente stretto che ancora oggi San Prospero viene chiamato "Savigno di Sopra".
Il ruolo di Savigno cresce nel 1352, quando il suo controllo passa nelle mani del vicariato dei Visconti e include oltre 70 comunità, estendendo i suoi confini tra Modena, la Toscana, il fiume Reno e la via Claudia (ora Bazzanese). Questa situazione dura fino al 1376, anno in cui avviene la riforma e la creazione di altri vicariati nell'area, tra cui Caprara, Panico, Serravalle, Monteveglio e San Lorenzo in Collina: Savigno rimane con sole 15 comunità.
Tra il 1507 e il 1554 vennero nominati da papa Leone X tre conti di Savigno, che però persero in breve tempo il loro potere: nel 1507 fu la volta di Antonio Bartolomeo Volta, nobile proveniente da Monteveglio, che morì durante l'assedio di Pistoia; nel 1515 fu nominato Filippo di Cesare Castelli, poi esautorato da Clemente VII; nel 1554 infine,Antonio Bartolomeo Volta, che ricevette e si vide revocare il titolo passatogli dal padre.
Seppur la sede amministrativa venga per breve periodo passata da Savigno al Cantone di Samoggia dalla Repubblica Cisalpina nel 1796, la riforma napoleonica permette al Comune di assumere, nel 1803, i contorni attuali.
Savigno fu teatro, il 15 agosto 1843 di un importante moto insurrezionale, iniziato da alcuni patrioti affiliati alla Giovine Italia contro il governo pontificio. La reazione e la repressione furono molto dure, e dei 116 cittadini sottoposti a giudizio, 19 vennero condannati a morte. Per commemorare quell'evento, è stato scolpito da Tullo Golfarelli un obelisco in arenaria.
Le prime infrastrutture moderne vengono costruite dopo la Prima Guerra Mondiale (strada per i Bortolani e Monteombraro, ponte sul Samoggia, illuminazione, sopraelevazione delle abitazioni). Nel 1932 viene costruito, su progetti di M.Ruffo, l'edificio del Palazzo Comunale, poderoso lavoro per manodopera, dimensioni e costi. In quaranta ambienti separati, la struttura faceva sfoggio di sale con ruolo amministrativo (uffici comunali, archivio, sala consiliare, appartamento del segretario e cantine con la centrale termica ed il deposito delle attrezzature comunali) e, all'avanguardia per il periodo, per le attività socio-sanitarie e culturali (scuole, ambulatorio medico e sala-teatro con stucchi e decorazioni).
Ad oggi Savigno fonda molta della sua ricchezza sulla promozione turistica, basata sulla prosecuzione delle sue tradizioni contadine.