Grazie alle sue caratteristiche geo-morfologiche, fra cui la presenza del torrente Samoggia e di un poggio, innalzato di 27 m rispetto alla Pianura Piadana il territorio di Bazzano fu interessato da un intenso popolamento fin dall'epoca preistorica: all'età del bronzo risale un villaggio di capanne di cultura terramaricola ubicato sulla sommità del poggio, mentre durante l'età del gli insediamenti si spostarono verso valle: all'epoca villanoviana risale la necropoli rinvenuta presso le "Fornaci Minelli".
È accertata la presenza etrusca, mentre per l'epoca romana numerose tracce sparse nel territorio indicano un intenso popolamento, favorito dalla vicinanza della via Predosa, parallela alla via Emilia, che attraversava la fascia pedemontana collegando Bologna e Modena.
Dopo il 643 il confine tra il territorio longobardo e l'Esarcato bizantino si attestò sul Panaro e l'area bazzanese divenne una zona di frontiera. Nel 727 il re longobardo Liutprando conquistò i possedimenti bizantini e il comprensorio bazzanese, non più militarizzato, fu interessato da un rapido processo di popolamento. Un nuovo insediamento longobardo sorse in pianura attorno alla chiesa di San Pietro, mentre il più antico villaggio bizantino sul poggio si sviluppò attorno alla chiesa di Santo Stefano. Un documento dell'anno 871 riporta il nome Badianum riferito a quest'ultimo agglomerato Il nome deriverebbe da "badia", nel senso di "possedimento di un'abbazia", forse l'abbazia di Nonantola: un documento dell'anno 789 ricorda infatti tra i territori posseduti dall'abbazia la "terra di Santo Stefano" con la relativa chiesa, di cui è stata ipotizzata l'identificazione con l'omonima chiesa parrocchiale del villaggio sul poggio.
Passò poi, dopo l'anno 1000, ai Conti di Canossa. Sull'altura che domina il paese, all'epoca era già edificato un castrum fortificato che fu in seguito ampliato come Rocca dei Bentivoglio. Nei secoli successivi la Rocca, divenuta di competenza del vescovo di Modena, fu distrutta dai bolognesi, poi ricostruita, e infine passata sotto il dominio dei Bentivoglio, signori di Bologna, ricostruita nelle forme attuali alla fine del XV secolo.
Il definitivo passaggio della Rocca di Bazzano al dominio di Bologna fece sì che intorno a essa e ai suoi piedi si cominciasse a sviluppare un borgo abitato, che dal XVI secolo in poi assolse a funzioni confinarie tra lo Stato Pontificio e il Ducato di Modena e Reggio.
Nei secoli la Rocca di Bazzano fu sede del Capitano della Montagna, fu carcere (vi fu rinchiuso nel 1799 anche il poeta Ugo Foscolo), fu teatro (sala dei Giganti) e ancora fu caserma e scuola e ancora fino agli anni 60 adibita ad abitazioni private.
Con l'Unità d'Italia Bazzano seguì le sorti della provincia di Bologna.