Il territorio di Crespellano è stato abitato fin da epoche preistoriche, come testimoniano i reperti terramaricoi e del Paleolitico rinvenuti a partire dal XVII secolo da Giovanni Gozzadini e altri. La zona fu in seguito interessata dalla presenza dei Galli Boi,per poi a finire nella sfera di influenza romana. Ai Romani si deve tra l'altro il nome con cui oggi è conosciuto il paese: essi denominarono la zona Fundum Crispinianum in quanto assegnata come premio a un generale di nome Crispino.
Sempre ai Romani si devono le due principali vie di comunicazione che delimitano i territori di Crespellano e delle sue frazioni Pragatto e Calcara: le vie consolari Emilia e Claudia (l'attuale Bazzanese). Ma la testimonianza principale di quell'epoca è la centuriazione, modello di gestione del territorio che ricalca il castrum, cioè l'accampamento militare, che a sua volta ha ispirato anche le città romane, tipicamente organizzate su reticoli di strade perpendicolari e parallele. Anche il territorio circostante mostra ancora i segni di questa organizzazione: la centuriazione prevedeva la divisione dei territori agricoli in quadrati di circa metri 700x700. Questa è ancora visibile, ad esempio nella frazione di Calcara: si individuano ancora le linee dei decumani (ad esempio la via Castellaccio, la via S.Lorenzo) e dei cardi (ad esempio la via Cassola, la via Cassoletta).
Non si hanno notizie relative al periodo delle invasioni barbariche: è però noto che nell'800 Crespellano viene donata dal feudatario di Carlo Magno, Orso Guerriero, all'abbazia di Nonantola. Questo consentì a Crespellano di entrare a far parte del grande progetto di bonifica portato avanti dall'Abbazia benedettina: l'intervento permise di trasformare vaste aree originariamente paludose in fruttiferi campi coltivati.
Grazie all'ascesa della produzione agricola, registrata a séguito dell'intervento di bonifica, il territorio di Crespellano divenne uno dei più ambiti della zona, tanto da divenire motivo di contesa tra le città emiliane più potenti dell'epoca. Divenne infine parte dell'immenso feudo di Matilde di Canossa, per poi passare alla sua morte sotto l'egida di Bologna e di seguirne le sorti. Territorio di frontiera tra Modena e Bologna, fu coinvolto fino ai primi anni del XVI secolo nei numerosi scontri che nel Medioevo contrapposero le due città, subendo un grave impoverimento.
Come gli altri territori bolognesi, fu soggetto allo Stato della Chiesa fino all'arrivo delle truppe di Napoleone Bonaparte, che, abbatté istituzioni vecchie di secoli e introdusse il concetto di comune come lo intendiamo oggi. Da qui in poi, Crespellano seguirà le vicende del territorio circostante, dal Risorgimento alla Resistenza.